Soms gaat vee1 zaad verloren als gevolg van bederf door onjuiste behandeling en bewaring na de oogst. Vooral in minder ontwikke1de landen (India, Pakistan, China) kan volgens schattingen van de FAO wel tot 1/3 van de oogst verloren gaan.
Een belangrijk aspect - vooral bij langdurige bewaring - is namelijk dat het koolzaad een zo hoog mogelijke kiemkracht heeft. Een lage kiemkracht kan als oorzaken hebben, het in de partij aanwezig zijn van veel gebroken of beschadigde zaden. Dit kan een gevolg zijn van te vroeg dorsen of dorsen van een te droog gewas en ook wel door onjuiste afstelling van de dorsmachine. Onvoorzichtig drogen (bv. te snelle opvoering van de temperatuur van de droge lucht) kan doding van het zaad ten gevolge hebben.
Al deze oorzaken van een lage kiemkracht resulteren ook in een toeneming van het percentage ongewenste vrije vetzuren en de vorming van oxidatieproducten, die de olie ranzig maken en daardoor de smaak en dus de kwaliteit ongunstig beïnvloeden.
Langdurige bewaring van koolzaad kan volgens Appelqvist (1972) in West Europa slechts veilig geschieden wanneer het zaad na de oogst kunstmatig is gedroogd tot een vochtgehalte van ca. 7%.
In Nederland heeft koolzaad na het dorsen doorgaans een vochtgehalte dat ligt tussen 10 en 23%, veelal tussen 14 en 18%.
Ook voor een bewaring van kortere duur zal het zaad vrijwel steeds eerst gedroogd dienen te worden.
Om een juiste droging te kunnen uitvoeren moet een vochtbepaling zo snel mogelijk na het dorsen hieraan voorafgaan. Droging kan geschieden met koude of verwarmde droge buitenlucht. Bij droging met verwarmde lucht dient men - vooral bij een hoog vochtgehalte - met een niet te hoge temperatuur te beginnen, b.v. 20 à 30° C.
Bij een vochtgehalte van 9-11% is tijdelijke opslag mogelijk, maar ventileren om bederf tegen te gaan is aan te bevelen.
Bij een vochtgehalte van 11-16% is ventileren en drogen noodzakelijk om bederf tegen te gaan. Bij een hoger vochthalte is drogen met warme lucht nodig.
Wanneer het vochtgehalte voldoende is gedaald, mag de temperatuur voorzichtig worden opgevoerd.
Droging van vochtig zaad bij een hogere temperatuur dan 40° C kan het zaad doden, en een lage kiemkracht veroorzaken, hetgeen een ongunstige invloed heeft bij de zaadbewaring.
Koolzaad wordt veelal op het eigen bedrijf gedroogd, indien drogingsapparatuur aanwezig is voor graan drogen. Veelal zijn dit schachtdrogers of droogvloeren. De capaciteit van de ventilator is, in verband met de luchthoeveelheid, daarbij van groot belang. Bij het gebruik van droogvloeren wordt gewoonlijk met verwarmde lucht gewerkt, waarbij de opwarming van de lucht met eenvoudige verhitters tot stand komt.
In de meeste gevallen wordt het koolzaad vóór het begin van de graanoogst naar de handel afgevoerd, zodat drogers en silo's dan weer beschikbaar zijn voor het graan. Een klein gedeelte wordt al rechtstreeks na de oogst afgevoerd naar de handel, waarna eerst wordt gedroogd voordat de partij wordt opgeslagen.
De stoppel bewerking moet erop gericht zijn het uitgevallen zaad zoveel mogelijk de kans te geven om te kiemen, zodat in het volggewas geen koolzaadopslag voorkomt.
Het koolzaad kiemt het snelst bij een lichte grondbedekking die echter niet meer dan 2 cm mag zijn. Na de oogst kan men daarom het beste een lichte grondbewerking uitvoeren met een zware eg of met een rotorkopeg als de stoppel kort is, of met een cultivator die ondiep werkt. Meestal is de stoppel lang, vanwege het zwadmaaien en komt dan alleen het cultivateren in aanmerking.
Het stro kan worden opgeperst en afgevoerd of worden verhakseld.
Als het stro wordt verhakseld komt hierdoor meer organische stof in de grond terecht. In het volggewas neemt dan echter de kans op slakkenvraat toe. Men zal het cultivateren dikwijls moeten herhalen. Op deze wijze kan men een groot deel van de opslagplanten vernietigen, wat voor de volgende gewassen van belang is. Wanneer direct na de oogst het perceel met de stoppelploeg wordt behandeld, valt het zaad diep weg en komt eerst in de loop van volgende jaren tot kieming, hetgeen zeel hinderlijk kan zijn. Een koolzaadstoppel biedt de mogelijkheid om wortelonkruiden en grasachtigen goed te bestrijden. Percelen waar deze onkruiden voorkomen, moeten niet worden bewerkt, maar met een chemisch middel worden bespoten.